В полите на Витоша се крие една от най-старите сгради в София. Църквата „Св. Никола и св. Пантелеймон“, позната още като Боянската църква, е изградена на няколко етапа. Прието е, че още през X-XI век на това място е построена храм, който е обновен през XII век. В следващото столетие са пристроени притвор и параклис. От този период са и изумителните стенописи, които впечатляват всички посетители. 

Изписването на храма е извършено през 1259 г., както гласи ктиторския надпис в притвора. Най-известните образи върху стените на църквата показват местния управител, наричан „севастократор“, Калоян и съпругата му Десислава, както и българската царска двойка Константин Тих Асен и Ирина.  В Боянската църква откриваме и първото известно изображение на св. Иван Рилски. Съхранени са още много пълноцветни стенописи, които са свидетелство за майсторите от епохата, като името на художника остава неизвестно. През XIX век е изградена третата част от църквата с дарения от местните хора. 

В началото на XX век в София се изграждат десетки нови красиви сгради, които отговарят на съвременния вкус на обитателите им. Жителите на с. Бояна имат желание да построяват нова църква на мястото на старата, която да бъде по-голяма и удобна за техните нужди. Средновековният храм е съхранен след намесата на царица Елеонора, която предоставя на селяните друг терен. Красивият парк с рядко срещаните секвои също е дело на царското семейство. Заради приноса си, Елеонора е погребана в двора на църквата след смъртта ѝ през 1917 г.

Храмът е действащ до 1954 г. Голямото признание за неговата стойност идва през 1979 г., когато е включен в списъка на ЮНЕСКО за недвижимо културно наследство.